בשנת 1983 הוקמה במנהל האזרחי היחידה המרכזית לפיקוח. היחידה אחראית על ענייני פיקוח ואכיפה בשטחי C, בין היתר בתחומי התכנון והבנייה, המקרקעין, שטחי האש ואיכות הסביבה. ביחידת הפיקוח פועל 'הצוות לבדיקת איתורים באדמות סקר', ומטרתו לאתר ולסמן מקרקעין שאפשר להכריז שהם רכוש ממשלתי, דהיינו שהם אדמות מדינה. ביחידת הפיקוח פועל גם צוות 'קו כחול', ותפקידו העיקרי הוא לסמן במדויק את גבולות ההכרזות, רובן משנות השמונים. כמה עשרות פקחים העובדים ביחידת הפיקוח ממונים על פי כתב הסמכה מיוחד, הכולל את פרטיהם האישיים ומפרט את סמכויותיהם. אלוף פיקוד המרכז וראש המנהל האזרחי הם המוסמכים למנותם לתפקיד. באתר המנהל האזרחי תפקיד היחידה מתואר כך:
היחידה לפיקוח של המנהל האזרחי באזור יהודה ושומרון אחראית על אכיפת הדין ותחיקת הביטחון בשטחי C, מכוח דיני התכנון והבניה כנגד בניה בלתי חוקית במגזר הפלסטיני והישראלי, שמירה על אדמות המדינה ועל שטחי האש.
על אף היומרה להציג את יחידת הפיקוח של המנהל האזרחי כגוף מקצועי חסר פניות שאוכף את החוק באופן שווה, הדברים לכל הפחות מורכבים יותר, אם נשתמש בלשון עדינה: רבים מאנשי יחידת הפיקוח מתגוררים בהתנחלויות, מהן התנחלויות השייכות לזרם הדתי הקיצוני. כנראה לא יהיה בבחינת הימור פרוע לשער כי האווירה השוררת ביחידת הפיקוח של המנהל האזרחי אוהדת מאוד את מפעל ההתנחלויות ואת האינטרסים הנלווים לו. ביטוי אחד לכך הוא סיפורו של איש צוות 'קו כחול' תושב ההתנחלות תקוע, הפקח יוסי לויט, שהיה אחראי על מיפוי אדמות המדינה סמוך להתנחלות מעלה עמוס. בראשית שנת 2014 התפטר לויט מהמנהל האזרחי והקים עם שותף חברה שבונה מאחז לא חוקי בשם 'חאן צורי יעלים' בדיוק באזור שעל מיפויו היה מופקד שנים ספורות קודם לכן. אף שמדובר בסיפור חריג מבחינת ממדי השחיתות האישית והחוצפה הכרוכה בו, לויט מעולם לא נדרש לתת את הדין באופן אישי על התנהלותו. למותר לציין כי העבודות הלא חוקיות במקום לא הופסקו על ידי חבריו של לויט ביחידת הפיקוח של המנהל האזרחי עד לא מכבר. חודשים ספורים לאחר שפרסמנו את סיפורו של לויט התברר כי אין הוא הפקח היחיד שחי במאחז לא חוקי . יאיר אלביליה, אף הוא עובד ותיק ביחידת הפיקוח, התגורר במאחז הלא חוקי מצפה כרמים, שהוקם על קרקעות בבעלות פלסטינית פרטית ממזרח להתנחלות הדתית הקיצונית כוכב השחר. מאוחר יותר עבר אלביליה להתגורר בהתנחלות טלמון ממערב לרמאללה, אף היא משתייכת לזרם הדתי הקיצוני .
