במהלך השנים השתלטו מתנחלים על בסיסים צבאיים שהצבא נטש. בסיסים אלו נבנו על קרקעות שנתפסו במקור לצורכי הצבא, ועם נטישתם האדמות שעליהן נבנו היו אמורות לשוב לידי בעליהן, אלא שבפועל צווי התפיסה לא בוטלו ומתנחלים השתלטו על המקום כדי למנוע את החזרת הקרקעות לבעליהן.

בסיס אדוריים בדרום מערב הר חברון נבנה בצד כביש 60 (החוצה את הגדה המערבית לאורכה) על שטח שנתפס בשנת 1970 (צו תפיסה 10/70) מתושבי הכפר דורא. בשנת 2012, כשנתיים לאחר נטישה סופית של הצבא, השתלטה המועצה האזורית הר חברון בידיעת הצבא על המקום והקימה בו את מה שהיא מגדירה "מרכז חירום אזורי". בפועל מדובר בחוליה נוספת שהמתנחלים באזור זה הקימו לאורך הכביש הראשי (כביש 60) כדי להדק את אחיזתם במרחב שרובו המוחלט מאוכלס בפלסטינים.

עוד בסיס צבאי שמתנחלים השתלטו עליו הוא בסיס האימונים מבוא שילה, שנמצא בין הכפרים מע'אייר ודומא ממזרח להתנחלות שילה והוקם על שטח שנתפס בשנת 1976 (צו תפיסה 10/76). לאחר נטישת חלק משטח הבסיס ניסו מתנחלים כמה פעמים להשתלט על המקום אך פונו על ידי הצבא. בשנת 2015 הוקם שוב במקום מאחז, שנקרא "מלאכי השלום", והצבא, שנמצא עדיין בחלק מהמתחם, אף סיפק לו מים וחשמל במשך תקופה מסוימת. אף שהצבא קבע לפני למעלה משלוש שנים ששהות המתנחלים במקום היא "פלישה בלתי חוקית" המתנחלים עדיין נמצאים שם.

אתר אחר שפלשו אליו מתנחלים הוא בסיס שדמה ממזרח לבית סאחור. זהו בסיס ירדני שישראל הרחיבה את שטחו בשנות השבעים באמצעות סדרה של תפיסות צבאיות. הצבא נטש את הבסיס באופן סופי בשנת 2006, ושנים אחדות לאחר מכן החלו מתנחלים בסיוע המועצה האזורית גוש עציון להשתלט על המקום במטרה מוצהרת למנוע את החזרת האדמות לבעליהן הפלסטינים, שמצידם נתנו את הסכמתם לכך שעיריית בית סאחור תקים במקום בית חולים. בראשית שנת 2016, לאחר כמה שנים שמתנחלים ניהלו במקום מה שהם כינו "מרכז תרבות", חזר הצבא, תפס את הבסיס והקים בו מחדש בסיס צבאי.